Quando Dom José de Camargo Barros, primeiro Bispo de Curitiba, chegou à nova diocese, logo pensou em fundar um seminário para formar seus futuros colaboradores. A 6 de março de 1896, começaram a chegar os primeiros candidatos. De maneira que a 19 de março de 1896, festa de São José, escolhido como padroeiro do Seminário, deu-se a inauguração do mesmo.
Inicialmente, ocupou uma casa alugada, na Rua Comendador Araújo.
Os padres formadores pertenciam à Congregação da missão, sendo seu primeiro reitor o Pe. Benjamim Fréchet.
O Seminário não podia permanecer por muito tempo em uma pequena casa alugada. Era urgente a construção de um prédio mais adequado para este fim. Assim, com a ajuda de donativos e campanhas, sobre tudo provenientes das visitas pastorais do Sr. Bispo, foi possível adquirir dois excelentes terrenos no Bairro do Batel. Aos 31 de março, de 1897 Dom José procedeu a benção da pedra fundamental do novo edifício, no Bairro do Batel. Aos 23 de junho, com grande júbilo, benzia e inaugurava uma parte do prédio. Nesta data também os seminaristas fora transferidos para o novo prédio, ainda inacabado.
Preocupado com a educação da juventude de Curitiba Dom João Francisco Braga, sucessor de Dom José de Camargo Barros, fundou em 1915 o Ginásio Diocesano. Este funcionava no mesmo prédio do Seminário.
Paulatinamente, os seminaristas vão tendo vida independente dos demais estudantes, até que apenas as aulas ficam em comum.
Aos 20 de maio de 1937, Dom Eusébio da Rocha, sucessor de Dom João Francisco Braga, reunido com os consultores diocesanos, resolveu separar completamente os seminaristas dos ginasianos, por exigência da Santa Sé.
Não tendo recursos para construir um novo Seminário correndo grande prejuízo moral e material acabar com o Ginásio diocesano, ficou decidido que o arcebispo cederia sua residência episcopal para os seminaristas e ele iria morar em outro local. A residência episcopal funcionou como sede do Seminário São José de 1938 a 1948. O número dos seminaristas oscilava entre 25 e 30 alunos. Nesta época Dom Pedro Fedalto foi seminarista.
Em 1945, Monsenhor Manuel da Cunha Cintra, fazendo visita canônica ao Seminário, que fiquei novo na residência episcopal, recomendou a Dom Ático Eusébio da Rocha que era oportuno construir um novo edifício para o Seminário, pois o lugar onde se encontrava não oferecia espaço e condições suficientes para acolher um número maior de seminaristas.
Assim, em 1946, o Senhor Arcebispo anuncia a nova construção na Rua Bispo Dom José um pouco abaixo do atual Colégio Paranaense, antiga sede do SENAI São José.
A inauguração oficial deu-se no dia 12 de setembro de 1948. Desta maneira, o Seminário São José começou a funcionar na sua 4ª casa.
E assim no início de 1959 a comunidade do Seminário São José foi transferida para Orleans, deixando o prédio para o Seminário Maior Rainha dos Apóstolos.
A Congregação de Missão necessitava de seus padres para outros trabalhos. O clero diocesano, por sua vez, já dispunha de uma equipe de padres para assumir a direção do Seminário São José. Diante disto, de comum acordo entre o Arcebispo Dom Manuel e o superior da Congregação de Missão deu-se a troca no final do ano de 1961.
A Arquidiocese manifestou profunda gratidão a Congregação da Missão por estes 66 anos de valiosos serviços prestados ao Seminário São José.
Desde 1948 até hoje o Seminário São José conta com a presença de Irmãs da Sagrada Família de Maria. Muito contribuíram e continuam a contribuir, exercendo o papel de mães e irmãs dos seminaristas.
Durante estes longos anos várias centenas de jovens passaram por ele recebendo sólida formação. Embora a maioria seguiram outras vocações na sociedade, quase 200 alcançaram o sacerdócio, dos quais, 15 chegaram ao episcopado, dentre eles o Cardeal Arcebispo de São Paulo, Dom Odilo Scherer e o atual Arcebispo de Curitiba Dom José Peruzzo.
Assim por mais de um século, passando por 5 casas o Seminário São José continua hoje com o mesmo idealismo e entusiasmo de seu fundador Dom José Camargo de Barros.
